São Pedro de Alcântara
Trata-se da única capela dedicada a um único religioso, com efeito, um dos grandes reformadores da Ordem de São Francisco em Espanha.
Pedro de Alcântara esteve em Portugal no período compreendido entre 1540 e 1553, colaborando com Frei Martinho de Santa Maria na fundação da primeira casa dos arrábidos. Seria beatificado, em 1622, e canonizado por Clemente IX, no ano de 1669.
Esta capela foi sagrada no dia 23 de Outubro de 1730 (segundo dia do oitavário da sagração) pelo Bispo de Leiria, Dom Álvares de Abrantes, tendo o sermão ficado a cargo de Frei José de Beringel, da Província da Piedade. Contém relíquias de São Lourenço, São Nereu e Santo Aquileu. Primitivamente teve a invocação de Nossa Senhora da Conceição, a qual ainda mantinha em 1750. Foram os cónegos regentes quem alterou a dedicação.
É fechada com grades de ferro guarnecidas de bronze, possuindo abóbada de meia laranja com zimbório e clarabóia de 4 janelas. A lâmpada acha-se suspensa de lanternim ou zimbório a meio da abóbada.
Retábulo do altar
São Pedro de Alcântara em adoração à Virgem
Óleo s/tela [3,25 x 1,98 m], atribuído por Pier Paolo Quieto [p. 119-122], a André Gonçalves e a Corrado Giaquinto (c. 1732) por Anna Lo Bianco [Joanni V, n. 58]. Conforma-se à informação que Cláudio da Conceição fornece, de se tratar de "maravilhosa pintura feita em Roma" [Gabinete Histórico, v. 8, p. 344]. Esta tela [PNMafra: inv. n. 1923], sobre a qual se desconhecem quaisquer informações documentais, foi integrada na Galeria de Pintura do rei Dom Luís, no ano de 1869, tendo regressado ao seu primitivo destino pela mão de Ayres de Carvalho, em 1948.
Estátuas
São Miguel
Mármore; h = 2,45 m; subsc.: Gian Battista Maini, 1732
São Gabriel
Mármore; h = 2,45 mm; subsc.: Gian Battista, 1731
Anjo Custódio de Portugal
Mármore; h = 2,459 m; s. a. (Marques da Gama e Pier Paolo Quieto [p. 83] atribuem-no a Filippo Della Valle)
São Rafael
Mármore; h = 2,45 m; s. a.
Luneta
O Cordeiro sobre o Livro com os Sete selos e os Anciãos prostrados diante dele
Mármore; [3,1 x 1,54 m]
Última Ceia
Óleo s/tela [PNMafra: inv. 6891] de Filippo Laurenzi [subsc.: Fillipo]; [3,30 x 2,25 m]. Pier Paolo Quieto [p. 122], considera-o exemplar da sujeição aos modelos estilísticos de Agostino Masucci.
O retábulo em mármore para substituir o óleo foi começado mas jamais concluído, tendo sido salvo do extravio por Estêvão António Jorge [O Mafrense, 5 Mar. 1893]. Frei Cláudio da Conceição [p. 345] afirma que o retábulo "actualmente [1820] se acha fazendo no telheiro em baixo relevo" e Frei João de Santa Ana que "já está principiado de escultura em uma das casas do telheiro" [fl. 280]. Trata-se da derradeira obra da Escola de Escultura de Mafra, presumindo-se que o respectivo estudo em gesso (guardado no Museu de Arte Sacra do Palácio Nacional) possa ter ficado a dever-se ao seu último director, Brás Toscano de Melo.
Neste altar existiu um sacrário para onde se costumava mudar o Santíssimo Sacramento quando havia exposição na capela própria.